refactor(core,server): 统一模块职责并消除类型重复

- 统一 ToolStatus 类型（Core 导出，Server 引用）
- 重命名 Server SessionManager 为 SessionMetadataManager
- 扩展 Core PermissionContext 添加结构化字段
- 统一 Part 类型导出（Core 定义存储格式，Server 定义展示格式）
- 简化 Message 格式（移除 MergedMessage，统一使用 Message）
- 添加向后兼容的类型别名和 @deprecated 注释

packages/core/src/index.ts

@@ -45,6 +45,8 @@ export type {
   Part,
   PartType,
   ToolPart,
+  TextPart,
+  ReasoningPart,
   ToolStatus,
   ToolState,
   TodoItem,
@@ -57,11 +59,14 @@ export type { UserInput, ChatResult } from './types/index.js';
 // Permission
 export { getPermissionManager } from './permission/index.js';
 export type {
+  PermissionType,
   PermissionContext,
   PermissionDecision,
   PermissionCheckResult,
   FilePermissionContext,
+  FileOperation,
   GitPermissionContext,
+  GitOperation,
   WebPermissionContext,
 } from './permission/index.js';