refactor(core,server): 统一模块职责并消除类型重复

- 统一 ToolStatus 类型（Core 导出，Server 引用）
- 重命名 Server SessionManager 为 SessionMetadataManager
- 扩展 Core PermissionContext 添加结构化字段
- 统一 Part 类型导出（Core 定义存储格式，Server 定义展示格式）
- 简化 Message 格式（移除 MergedMessage，统一使用 Message）
- 添加向后兼容的类型别名和 @deprecated 注释

packages/server/src/routes/sessions.ts

@@ -9,7 +9,7 @@ import { getSessionManager } from '../session/manager.js';
 import {
   CreateSessionInputSchema,
   type ToolCallInfo,
-  type MergedMessage,
+  type Message,
   type MessagePart,
 } from '../types.js';
 import type { MessageInfo, Part, ToolPart } from '@ai-assistant/core';
@@ -131,7 +131,7 @@ sessionsRouter.get('/:id/messages', async (c) => {
     const messageInfos = await MessageStorage.listBySession(id);
 
     // 转换为前端格式
-    const messages: MergedMessage[] = [];
+    const messages: Message[] = [];
     for (const msgInfo of messageInfos) {
       const parts = await PartStorage.getByIds(msgInfo.id, msgInfo.partIds);