feat: 添加会话持久化和 Todo 工具

会话持久化：
- 新增 SessionManager 和 SessionStorage，支持会话自动保存和恢复
- 会话数据存储在 ~/.local/share/ai-assist/，遵循 XDG 规范
- 支持对话历史、已发现工具、待办事项的持久化
- 启动时自动恢复同一工作目录的上次会话
- 支持会话归档和历史会话管理

Todo 工具：
- 新增 todoread 工具：读取当前会话的待办事项列表
- 新增 todowrite 工具：创建和更新待办事项
- 支持 pending/in_progress/completed 三种状态
- 待办事项随会话自动持久化

其他改进：
- ToolResult 类型新增可选的 metadata 字段
- Agent 支持会话管理器集成
- clearHistory 改为异步方法

src/core/agent.ts

@@ -11,6 +11,7 @@ import {
 import type { Tool, ToolResult, Message, AgentConfig, ProviderType } from '../types/index.js';
 import { buildZodSchema } from '../types/index.js';
 import { ToolRegistry } from '../tools/registry.js';
+import { SessionManager } from '../session/index.js';
 
 // Provider 工厂函数类型
 type ProviderFactory = (apiKey: string) => (model: string) => LanguageModel;
@@ -41,6 +42,9 @@ export class Agent {
   // 兼容旧模式：直接注册的工具
   private legacyTools: Map<string, Tool> = new Map();
 
+  // 会话管理器（可选）
+  private sessionManager: SessionManager | null = null;
+
   constructor(config: AgentConfig) {
     this.config = config;
 
@@ -58,6 +62,26 @@ export class Agent {
     this.registry = registry;
   }
 
+  /**
+   * 设置会话管理器（启用会话持久化）
+   */
+  setSessionManager(manager: SessionManager): void {
+    this.sessionManager = manager;
+    // 从会话恢复状态
+    const session = manager.getSession();
+    if (session) {
+      this.conversationHistory = [...session.messages];
+      this.discoveredTools = new Set(session.discoveredTools);
+    }
+  }
+
+  /**
+   * 获取会话管理器
+   */
+  getSessionManager(): SessionManager | null {
+    return this.sessionManager;
+  }
+
   /**
    * 注册单个工具（兼容旧代码）
    */
@@ -206,15 +230,33 @@ export class Agent {
       content: fullResponse,
     });
 
+    // 持久化会话
+    await this.persistSession();
+
     return fullResponse;
   }
 
+  /**
+   * 持久化当前会话状态
+   */
+  private async persistSession(): Promise<void> {
+    if (!this.sessionManager) return;
+
+    await this.sessionManager.setMessages(this.conversationHistory);
+    await this.sessionManager.setDiscoveredTools([...this.discoveredTools]);
+  }
+
   /**
    * 清空对话历史和发现的工具
    */
-  clearHistory(): void {
+  async clearHistory(): Promise<void> {
     this.conversationHistory = [];
     this.discoveredTools.clear();
+
+    // 如果有会话管理器，创建新会话
+    if (this.sessionManager) {
+      await this.sessionManager.newSession();
+    }
   }
 
   /**