refactor(core): 移除不再需要的文件系统工具

删除以下工具及相关文件：
- copy_file: 复制文件
- create_directory: 创建目录
- delete_file: 删除文件
- move_file: 移动文件
- search_files: 搜索文件

清理范围：
- 工具实现文件 (5个)
- 工具描述文件 (5个)
- 单元测试文件 (6个)
- Agent presets 中的引用
- Checkpoint 系统中的触发类型
- Hook 系统中的相关处理

packages/core/src/agent/executor.ts

@@ -319,11 +319,10 @@ export class AgentExecutor {
     }
 
     // 文件写入权限检查
-    if (['write_file', 'edit_file', 'delete_file'].includes(toolName)) {
+    if (['write_file', 'edit_file'].includes(toolName)) {
       const filePermission = permission.file;
       if (filePermission) {
-        const operation = toolName === 'write_file' ? 'write' :
-                          toolName === 'edit_file' ? 'edit' : 'delete';
+        const operation = toolName === 'write_file' ? 'write' : 'edit';
         const action = filePermission[operation];
         if (action === 'deny') {
           return { allowed: false, reason: `${operation} 操作被禁止` };