refactor(core): 移除不再需要的文件系统工具

删除以下工具及相关文件：
- copy_file: 复制文件
- create_directory: 创建目录
- delete_file: 删除文件
- move_file: 移动文件
- search_files: 搜索文件

清理范围：
- 工具实现文件 (5个)
- 工具描述文件 (5个)
- 单元测试文件 (6个)
- Agent presets 中的引用
- Checkpoint 系统中的触发类型
- Hook 系统中的相关处理

packages/core/tests/hooks/hooks.test.ts

@@ -328,25 +328,6 @@ describe('HookManager', () => {
       expect(triggered).toBe(true);
     });
 
-    it('should trigger file.deleted hook', async () => {
-      let triggered = false;
-      const hooks: Hooks = {
-        'file.deleted': async (input, output) => {
-          triggered = true;
-          expect(input.path).toBe('/test/old-file.ts');
-        },
-      };
-
-      manager.registerHooks(hooks);
-
-      await manager.triggerFileDeleted({
-        path: '/test/old-file.ts',
-        tool: 'delete_file',
-        sessionId: 'test-session',
-      });
-
-      expect(triggered).toBe(true);
-    });
   });
 
   describe('Config Hooks', () => {