feat: 实现检查点系统 (Shadow Git 架构)

- 添加 Shadow Git 存储后端，使用隔离的 git 仓库管理快照
- 实现检查点管理器，支持自动/手动检查点创建
- 添加 5 个检查点工具:
  - undo: 快速撤销到上一个检查点
  - checkpoint_create: 创建命名检查点
  - checkpoint_list: 列出所有检查点
  - checkpoint_diff: 显示检查点与当前状态的差异
  - checkpoint_restore: 恢复到指定检查点
- 支持嵌套 .git 目录处理，避免冲突
- 添加事件系统监听检查点生命周期
- 编写完整测试用例 (21 个测试)

src/tools/checkpoint/index.ts

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+/**
+ * 检查点工具模块
+ */
+
+export { checkpointCreateTool } from './checkpoint_create.js';
+export { checkpointListTool } from './checkpoint_list.js';
+export { checkpointDiffTool } from './checkpoint_diff.js';
+export { checkpointRestoreTool } from './checkpoint_restore.js';
+export { undoTool } from './undo.js';