feat: 新增 6 个工具并重组目录结构

新增工具:
- grep_content: 在文件内容中搜索文本/正则表达式
- get_file_info: 获取文件元信息（大小、权限、时间等）
- move_file: 移动或重命名文件/目录
- copy_file: 复制文件或目录（支持递归）
- delete_file: 删除文件或目录
- create_directory: 创建目录

目录重组:
- src/tools/shell/ - Shell 相关工具（bash）
- src/tools/filesystem/ - 文件系统工具（12个）
- 每个子目录有独立的 index.ts 导出

权限系统扩展:
- 新增操作类型: grep, info, move, copy, mkdir
- 读取类操作默认允许，写入类操作需要确认

src/tools/index.ts

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 import type { Tool } from '../types/index.js';
-import { bashTool } from './bash.js';
-import { readFileTool } from './read_file.js';
-import { writeFileTool } from './write_file.js';
-import { editFileTool } from './edit_file.js';
-import { listDirTool } from './list_directory.js';
-import { searchFilesTool } from './search_files.js';
 
-// 所有可用工具的注册中心
-// 添加新工具只需在此数组中添加一行
-export const allTools: Tool[] = [
-  bashTool,
+// Shell 工具
+import { bashTool } from './shell/index.js';
+
+// 文件系统工具
+import {
   readFileTool,
   writeFileTool,
   editFileTool,
   listDirTool,
+  createDirectoryTool,
   searchFilesTool,
+  grepContentTool,
+  getFileInfoTool,
+  moveFileTool,
+  copyFileTool,
+  deleteFileTool,
+} from './filesystem/index.js';
+
+// 所有可用工具的注册中心
+// 添加新工具只需在此数组中添加一行
+export const allTools: Tool[] = [
+  // Shell
+  bashTool,
+
+  // 文件读写
+  readFileTool,
+  writeFileTool,
+  editFileTool,
+
+  // 目录操作
+  listDirTool,
+  createDirectoryTool,
+
+  // 搜索
+  searchFilesTool,
+  grepContentTool,
+
+  // 文件信息
+  getFileInfoTool,
+
+  // 文件管理
+  moveFileTool,
+  copyFileTool,
+  deleteFileTool,
 ];